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Serie CRISPR/Cas9: un viaggio avvincente da un primitivo sistema di difesa batterica a una tecnologia avanzata di editing genetico umano

Serie CRISPR/Cas9: un viaggio avvincente da un primitivo sistema di difesa batterica a una tecnologia avanzata di editing genetico umano

Meccanismi di riparo del DNA come chiave per ingegnerizzare i geni umani attraverso CRISPR/Cas9

Riassunto:

  • Nel corso del 2020, la tecnologia basata su CRISPR/Cas9 ha fatto numerosi passi avanti, rivoluzionando le scienze mediche e l’industria agroalimentare.
  • CRISPR/Cas9 genera delle rotture all’interno del DNA, innescando meccanismi di riparazione cellulare che i ricercatori sfruttano per manipolare il genoma degli organismi viventi.
  • Il sistema di riparazione del DNA chiamato “non-homologous end joining” (NHEJ) viene sfruttato per inattivare un gene, allo scopo di studiarne la funzione o per creare un modello di malattia.
  • La riparazione del DNA basata sulla ricombinazione omologa aiuta i ricercatori a correggere un gene difettoso, oppure ad inserirne uno del tutto nuovo, come potenziale terapia genica per le malattie umane.
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Malgrado l’attuale pandemia globale che stiamo vivendo, l’anno 2020, per la comunità scientifica e non solo, sarà soprattutto ricordato anche come l’anno di CRISPR/Cas9. Oltre al Premio Nobel per la Chimica, vinto da Emmanuelle Charpentier and Jennifer Doudna, la tecnologia basata su CRISPR/Cas9 è finita sotto la luce dei riflettori anche per altri importantissimi motivi.

Nell’aprile 2020, gli scienziati dell’Università della California Davis (UC Davis) hanno generato Cosmo, il primo vitello geneticamente modificato con CRISPR/Cas9 [1]. A dicembre, il Dipartimento dell’Agricoltura degli Stati Uniti (USDA), facendo seguito alle decisioni della Food and Drug Administration (FDA), ha ufficialmente regolamentato l’uso di CRISPR/Cas9, iscrivendolo tra i metodi per ottenere colture geneticamente modificate [2-3]. La scorsa estate, CRISPR/Cas9 è stato utilizzato con successo per ottenere globuli rossi sani, usati per trattare una donna affetta da anemia falciforme [4]. Inoltre, qualche mese prima, i risultati derivanti da un trial clinico eseguito presso l’Università della Pennsylvania hanno dimostrato che l’utilizzo di linfociti T umani ingegnerizzati con CRISPR/Cas9 può rappresentare una chance terapeutica importante nella lotta contro i tumori [5].

In un nostro precedente articolo, abbiamo mostrato come il sistema CRISPR/Cas9 sia stato ottenuto partendo dal sistema immunitario adattivo dei batteri, e come funziona la tecnologia di ingegneria genetica basata su CRISPR/Cas9 funziona. Nell specifico, CRISPR/Cas9 è un complesso formato da una proteina (Cas9) e da un RNA guida (gRNA) che è in grado di riconoscere specifiche sequenze di DNA e creare un vero e proprio taglio all’interno di esse. In questo articolo, vi spiegheremo perché l’abilità di tagliare il DNA con precisione è cruciale per i ricercatori e come proprio questa caratteristica di CRISPR/Cas9 ha dato avvio ad una vera e propria rivoluzione nel campo dell’ingegneria genetica.

Tagli o rotture all’interno del filamento di DNA sono fenomeni naturali che avvengono in diversi organismi. Per esempio, rotture fisiologiche del DNA avvengono durante la divisione cellulare proprio per facilitare lo scambio di materiale genetico fra coppie di cromosomi. Inoltre, simoli esterni come le radazioni ultraviolette e agenti chimici, possono causare danni al DNA cellulare, che nella maggior parte dei casi consistono in una o più rotture della doppia elica. Al fine di garantire la propria sopravvivenza, la cellula deve imperativamente essere in grado di riparare le lesioni subite dal DNA ogni qualvolta essere si verificano. Allo stesso modo dei diversi agenti esterni o di altri fenomeni fisiologici, il taglio effettuato dalla proteina Cas9 determina una rottura nel DNA in una specifica sequenza che gli scienziati scelgono di manipolare, sfruttando proprio meccanismi di riparazione della cellula.

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Infatti, negli organismi superiori, inclusi gli essere umani, le rotture del DNA possono essere riparate attraverso diversi meccanismi sofisticati di riparazione [6-7]. Il più frequente di questi meccanismi è chiamato non-homologous end joining (NHEJ). In conseguenza del danno ad una sequenza di DNA, questo sistema di riparazione effettua l’inserzione o la delezione di piccoli pezzi di DNA in prossimità del sito di rottura, allo scopo di ricostruire la sequenza danneggiata. Tuttavia, questo meccanismo commette spesso errori e l’inserzione, come anche la delezione, di piccoli pezzi di DNA può comportare il cambiamento radicale della sequenza originale di DNA [8].

I ricercatori sfruttano gli errori che si verificano durante la riparazione del DNA per riuscire ad annullare l’espressione di uno specifico gene. Infatti, mutazioni casuali derivanti dal processo di riparazioni esitano in un gene non funzionante e, pertanto, in una proteina non funzionante. L’eliminazione di un gene è molto utile per riuscire a comprenderne la funzione, in particolare valutando gli effetti biologici derivanti proprio dalla sua eliminazione. Rendere un gene non funzionante permette di scoprire in quale via di segnalazione è coinvolto, oppure è utile per creare modelli di malattia che possano essere utilizzati per testare nuovi approcci terapeutici. Tuttavia, la casualità con cui NHEJ modifica la sequenza di DNA rende poco controllabile il processo di editing genetico. In particolare, questo sistema non può essere usato per correggere un gene che causa una patologia, ristabilendo la sua funzione, né può essere usato per conferire nuove caratteristiche vantaggiose alla cellula manipolata.

Per superare queste limitazioni, gli scienziati sfruttano un secondo, seppur meno frequente sistema di riparazione basato sulla ricombinazione omologa. La ricombinazione omologa è un processo molecolare che garantisce una riparazione altamente fedele, attraverso lo scambio di informazioni tra due molecole simili di DNA. Quando si verifica una rottura nella doppia elica di DNA, una molecola di DNA intatta ed identica a quella danneggiata viene utilizzata dalla cellula per sostituirla.

Sfruttando lo stesso principio, i ricercatori sono in grado di introdurre una nuova sequenza all’interno del genoma della cellula ospite in modo estremamente semplice:

  1. Il complesso Cas9/gRNA viene introdotto all’interno del nucleo della cellula affinché tagli una specifica sequenza di DNA genomico;
  2. I ricercatori introducono anche una molecola di DNA con la funzione di templato, che contiene le modifiche che vogliono conferire alla sequenza originale;
  3. La rottura causata da Cas9 viene riparata mediante ricombinazione omologa tra la sequenza originale ed il templato; in altre parole, la cellula viene ingannata a riparare il proprio stesso genoma con la modificazione scelta dai ricercatori [9-10].

Per concludere, CRISPR/Cas9 rappresenta un interessante esempio di come gli scienziati siano riusciti a realizzare una tecnica di ingegneria genetica, combinando insieme un piccolo sistema di difesa delle cellule procariotiche ed i più sofisticati meccanismi di riparazione del DNA delle cellule eucariotiche. Questo ha aperto le porte alla realizzazione di nuove strategie terapeutiche per il trattamento delle malattie genetiche, dei tumori e molte altre. Tuttavia, malgrado il suo indubbio potenziale, i ricercatori hanno dovuto affrontare numerosi problemi derivanti dall’applicazione della tecnologia basata su CRISPR/Cas9.

Nel prossimo articolo della serie, discuteremo i principali problemi tecnici di CRISPR/Cas9, come gli eventi off-target, e scopriremo come gli scienziati hanno proposto soluzioni a queste limitazioni, migliorando il sistema ed accorciando i tempi per l’utilizzo in sicurezza nell’uomo di questa tecnologia.

Referenze:

  1. https://ucdavis.app.box.com/s/cpipr5wwnrdr69k7s46l81kbtmzycfg7/file/694452573988
  2. https://www.aphis.usda.gov/brs/pdf/aphis-2020-0079.pdf
  3. https://www.fda.gov/media/74614/download
  4. https://www.npr.org/sections/health-shots/2020/12/15/944184405/1st-patients-to-get-crispr-gene-editing-treatment-continue-to-thrive
  5. https://science.sciencemag.org/content/367/6481/eaba7365
  6. Liang F, Han M, Romanienko P.J., & Jasin M. Homology-directed repair is a major double-strand break repair pathway in mammalian cells. Proceedings of the National Academy of Sciences, 95(9), 5172-5177 (1998)
  7. Ranjha, L., Howard, S. M., and Cejka, P. (2018). Main steps in DNA double-strand break repair: an introduction to homologous recombination and related processes. Chromosoma 127, 187–214. doi: 10.1007/s00412-017-0658-1
  8. Bothmer, A. et al. Characterization of the interplay between DNA repair and CRISPR/Cas9-induced DNA lesions at an endogenous locus. Nat. Commun. 8, 13905 (2017).
  9. Sonoda E, Hochegger H, Saberi A, Taniguchi Y, Takeda S. Differential usage of non-homologous end-joining and homologous recombination in double strand break repair. DNA Repair (Amst) 2006; 5: 1021–1029.
  10. Horii, Takuro, and Izuho Hatada. “Challenges to increasing targeting efficiency in genome engineering.” The Journal of reproduction and development vol. 62,1 (2016): 7-9. doi:10.1262/jrd.2015-151